우리대학의 역사를 살펴보면, 1961년 11월에 '대학정비령에 의해 1962학년도 학생모집 중지', 1962년 2월에 '마산실업초급대학 설립 인가', 1964년 1월에 '마산대학 설립 인가'라는 사건들이 나타난다. 이 시기 이러한 사건들이 우리대학 자체에 어떤 문제가 있어 초래된 것으로 알고 있는 한마 구성원들이 많은 것 같다.

또한 『경남대학교 50년사』에서도 1961년 "11월 13일에는 대학 정비령에 의하여 1962학년도 학생모집중지 통보를 받아 2년제 마산 실업초급대학으로 전환되기에 이른다"라고 서술하고, 다음 단락에서 "1963년 11월 12월에는 학생과 교직원들이 그 동안 재단이 학교 운영을 잘하지 못하여 4년제 대학이 2년제 초급대학으로 전환되는 등 대학이 존폐의 위기에 직면했다고 지적하"였다고 서술하여 우리대학에 어떤 문제가 있어 이 시기 학생모집중지 통보를 받았다고 느끼게 한다.

하지만, 1962학년도 학생모집중지는 우리대학의 문제 때문이 아니라 5.16을 통해 국가권력을 장악한 군부의 교육정책에 의한 것이었다. 군부는 4.19 이후 사회적 혼란의 궁극적인 원인이 대학에 있다고 보았다. 또한 그것은 그간의 대학에 대한 자유방임정책 때문이었다고 보고 대학정비를 비롯한 제반 통제책을 강구하기 시작했다.

그리고 4.19 이후 만연된 사회적 혼란과 정치적 무질서 상황은 대학 내부에서도 예외는 아니었다. 총 학장이나 교수의 배척, 재단에 대한 불신, 납부금의 인하 요구 등 연이은 시위와 분규는 대학에 대한 사회적 불신을 초래하고 군부로 하여금 대학의 정비를 서두르게 한 원인을 제공하였다.

또한, 4.19 이후 5.16 사이의 고등교육 인구는 전례없이 급격하게 증가하였다. 1960년 4월말 약 10만 명이던 고등교육 인구가 61년 5월말에는 약 14만 명으로 증가하였다. 이 기간 동안에 고등교육 기관수는 85개에서 81개로 줄었음에도 불구하고 고등교육 인구는 반대로 급증하였던 것이다. 이러한 현상은 학교에 대한 행정감독이 소홀해지면서 사립대학들이 정원을 초과하여 모집하는 일이 공공연하게 벌어지고 있었음을 보여주는 것이다.

이러한 상황에서 사회의 질서를 회복한다는 명분으로 국가권력을 장악한 군부는 당시 사회혼란을 일으키는 핵심세력이 대학생들이라고 인식하고 대대적인 학원통제를 감행하였다. 이 시기 군부의 학원통제책은 우리대학에 크게 두가지면에서 영향을 주었는데, 그 하나는 1950년 재단 이사장에 취임한 이래 우리대학과 고락을 함께 해 온 이용조(李龍祚) 학장이 퇴임하게 되었다는 것이고, 다른 하나는 우리대학의 폐교가 결정되고 마산실업초급대학이 설립되었다는 것이다.

5.16 직후부터 단행된 각 대학에 대한 통제와 정비는 빠른 속도로 진행되었다. 1961년 6월 문교부에서 대학정비 방침을 발표한 후 7월 7일에는 대학 입학지원 자격을 국가에서 실시하는 시험에 합격한 자에게만 부여한다는 '대학입학자격 국가고시제'가 발표되었다. 또한 '대학정비의 일반원칙과 정상화방안에 관한 제1차 정비안'이 발표되었다. 8월에는 국공립대학의 정비기준을 제시한 제2차 정비안이 발표되고 9월 1일에는 '교육에 관한 임시특례법'(법률 제708호)이 제정 공포되었다.

이 법 제15조에서는 교원의 정년이 60세로 규정되었다. 또한 정년에 달한 자는 달한 날이 속하는 학기의 말일에 당연 퇴직한다로 규정하여 이용조 학장이 1961년 9월 30일부로 정년퇴임하게 되었다. "12년간 사재(私財)까지도 모두 바쳐 가며 이 학교를 키워온 마대(馬大)의 어버이 이용조 학장님이 '교육에 관한 임시 특례법'에 의거하여 9월 30일 부로 정년 퇴임하지 않으면 안되게 되었다니 마대의 건아들과 교수님 동창 학부형들은 다같이 슬퍼하지 않을 수 없는 사실이다"라는 마산대학보 기사에서 볼 수 있듯이 그는 우리대학과 고락을 함께 했었다.

10월에는 '학사자격 고시령'이 공포되어 학사고시제가 실시되었으며, 11월 18일에는 사립대학 정비안이 발표되었다. 그 내용 중 우리대학에 큰 충격을 안겨다 준 것이 학생 정원이 서울은 700명 이하, 지방은 600명 이하인 학교는 폐지한다는 것이었다. 그리하여 전국 37개 주간 사립대학 중 우리대학을 위시하여 동덕여대, 덕성여대, 한국사업대(현 대구대), 관동대, 원광대, 동양의대(현 경희대 한의대학), 청구대(현 영남대), 홍익대, 국민대, 단국대, 국학대(우석대로 통합 고려대에 합병) 등 12개 대학이 폐지되게 되고, 25개 대학만 존속하게 되었다.

또한 기존 초급대학과 폐지되는 4년제 대학 중 초급대학 설치기준에 도달되는 학교에 한하여 새로이 초급대학으로 인가할 수 있다고 규정하였다. 그리하여 우리대학은 1962년 2월 마산실업초급대학 설립 인가를 받게 되었다.

하지만 이러한 대학정비는 제정과정이나 시행과정에서 여론의 수렴이나 대학측의 참여없이 일방적으로 강행되었다. 이처럼 대학정비가 단시일에 비민주적, 강압적으로 이루어지자 사회적 여론이 비판적으로 형성되는 것은 당연하였다. 대학의 감소와 정원의 급격한 감축은 고등학교 졸업생의 진학 기회를 대폭 박탈하게 되었고, 특히 사립대학의 운영난을 가중시키고 교원의 대량 해고사태 유발 등으로 사회적 비판과 반발을 야기하였으며, 대학교육의 질적향상과 대학의 지방분산이라는 원칙에 위배되는 결과를 초래하였다.

군부의 입장에서는 대학생 수의 과다, 인력수급과의 불균형, 학원분규로 이어지는 대학의 부패, 학과의 중복과 낭비, 그리고 급격한 양적 팽창이 교육의 질적 저하를 초래했다는 점을 들어 대학교육의 운영을 정상화하기 위해 대학정비가 필요했었다. 그러나 군부의 이러한 의욕적인 시도는 군정 초기에 대학현실을 제대로 파악하지 못한 상태에서 대학의 참여나 동의없이 정부 주도하에 일방적으로 강행됨으로써 여러 가지 불합리성을 조장하게 되었던 것이다. 그래서 1962년도에는 사립대학의 학생 증원 등을 골자로 하는 대학정비 수정안이 발표되었다. 그러나 결국 이 정책은 폐기되고 우리대학을 위시한 대학들은 다시 복구되게 되었다. 그리하여 1964년 1월에 마산대학의 설립(복구) 인가가 나고, 마산실업초급대학은 마산대학병설실업초급대학으로 개칭되게 되었다.

지금까지 살펴본 바와 같이 1962~3년간 마산대학의 신입생 모집이 중지되고 마산실업초급대학이 설립된 것은 5.16으로 국가권력을 장악한 군부의 교육정책에 의한 것이었지 우리대학 내부의 문제 때문이 아니었다. 여기서 분명히 하고 넘어가야 할 것은 이 시기 마산대학과 마산실업초급대학은 병존하고 있었다는 것이다.

왜냐하면 1961년 11월 18일의 사립대학 정비안에 의해 신입생 모집은 중지되었으나, 재학 중인 학생들의 졸업까지 대학은 유지되었기 때문이었다. 그 사례를 들자면 이경대(李慶帶) 학장의 마산실업초급대학장 취임 승인은 1962년 6월 15일에, 마산대학장 취임 승인은 1962년 8월 3일에 있었다. 또한 1964년 2월 24일에는 마산대학 제15회 졸업식이, 다음날인 25일에는 초급대학 제1회 졸업식이 있었다. 즉, 신입생 모집이 중지되고 마산실업초급대학이 설립되었지만 단 1년도 우리대학이 4년제 대학으로서 기능을 중단한 적은 없었다.